Seperti pada umumnya kota-kota besar, Jakarta pun dilalui oleh sungai. Pada awalnya sungai memang menjadi urat nadi kehidupan warga. Keberadaan sungai mendukung perkembangan suatu wilayah sehingga akhirnya berubah menjadi kota besar.

Ada 13 buah aliran sungai yang membelah Kota Jakarta, yaitu sebagai berikut.

1. Kali Mookervaart

Untuk menambah suplai air serta mengendalikan banjir di Batavia atau sekarang Kota Jakarta, pemerintah kolonial Belanda membuat saluran air yang menghubungkan Kali Angke dengan sungai Cisadane di Kota Tangerang. Saluran dengan diameter sekitar 25-30 meter ini dirancang oleh ahli hidrologi saat itu dan dibuat pada tahun 1678-1689. Saluran sepanjang 13 km tersebut kemudian dikenal sebagai Kali Mookervart.

2. Kali Angke

Sungai ini berhulu di Kelurahan Menteng dan Cilendek Timur di Kota Bogor, Jawa Barat. Sungai ini selanjutnya melewati wilayah Tangerang Selatan, Kota Tangerang dan bermuara di Jakarta Barat di wilayah Muara Angke. Kali Angke ini tidak pernah kering selama musim kemarau, karena berhulu langsung di wilayah yang banyak berhujan di daerah Bogor. Panjang sungai ini tercatat 91,25 km.

3. Kali Pesanggrahan

Merupakan sungai yang mengalir dari Kabupaten Bogor, melintasi Kota Depok, Jakarta Selatan, hingga akhirnya ke Tangerang, Banten. Sungai ini berhulu di wilayah Kecamatan Tanah Sareal, dan melewati Kecamatan Bojonggede, Kecamatan Sawangan, Kecamatan Limo, Kecamatan Kebayoran Lama, Kecamatan Pesanggrahan, Kecamatan Kembangan, Kecamatan Kebon Jeruk, hingga akhirnya ke Cengkareng. Kali Pesanggrahan mengalir sepanjang 66,7 km dan bermuara ke Kali Angke.

Pada masa pendudukan VOC, sampai dengan sekitar tahun 1720 Kali Pesanggrahan masih dapat dilayari hingga jauh ke pedalaman. Tidak kurang dari 25 buah penggilingan dibangun pada kebun-kebun tebu partikelir di sepanjang tepian sungai, sehingga ketika itu sungai ini sangat penting sebagai jalur pengangkutan gula dari kebun ke kota Batavia.

4. Kali Grogol

Sumber mata air Kali Grogol ada di Desa Kedungbadak, Kabupaten Bogor, Jawa Barat, dan mengalir ke arah utara di antara Kali Krukut di sebelah timurnya dan Kali Pesanggrahan di sebelah baratnya. Sungai ini melintasi Desa Sukadamai dan Desa Kencana. Aliran sungai terus ke utara melalui Senayan City dan di sisi barat Stadion Utama Gelora Bung Karno. Kali Grogol yang panjang alirannya 23,45 km ini bermuara ke Kali Angke.

5. Kali Krukut

"Krukut" adalah nama perkampungan yang merupakan kelurahan di Kecamatan Taman Sari, Jakarta Barat, yaitu terletak di atara dua sungai, yaitu Kali Ciliwung dan Kali Cideng (yang kemudian lebih dikenal sebagai "Kali Krukut").

Kali Krukut alirannya sepanjang 31,39 km. Sungai ini mengalir dari Situ Citayam, Bogor, Depok, Jagakarsa, Cilandak, Pasar Minggu, Kemang, Mampang Prapatan, Gatot Subroto, Setiabudi, Tanah Abang, Pecinan Glodok, bercabang di bawah Jembatan Toko Tiga Pancoran, melewati Pertokoan Gloria sampai di Bawah Jembatan Harco, hingga berakhir di Banjir Kanal Barat (menyatu dengan Kali Ciliwung).

6. Kali Baru Barat

Mengalir melintasi antara lain kecamatan Pancoran dan Tebet, Jakarta Selatan. Sungai ini adalah satu dari dua saluran yang digali dari hulu sungai Ciliwung di Katulampa dan Kali Cisadane, pada abad ke-18.

7. Kali Ciliwung

Panjang aliran utama sungai ini adalah hampir 120 km dengan daerah tangkapan airnya (daerah aliran sungai) seluas 387 km persegi.[2] Sungai ini relatif lebar dan di bagian hilirnya dulu dapat dilayari oleh perahu kecil pengangkut barang dagangan. Wilayah yang dilintasi Ciliwung adalah Kabupaten Bogor, Kota Bogor, Kota Depok, dan Jakarta.

Hulu sungai ini berada di dataran tinggi yang terletak di perbatasan Kabupaten Bogor dan Kabupaten Cianjur, atau tepatnya di Gunung Gede, Gunung Pangrango dan daerah Puncak. Setelah melewati bagian timur Kota Bogor, sungai ini mengalir ke utara, di sisi barat Jalan Raya Jakarta-Bogor, sisi timur Depok, dan memasuki wilayah Jakarta sebagai batas alami wilayah Jakarta Selatan dan Jakarta Timur. Ciliwung bermuara di daerah Luar Batang, di dekat Pasar Ikan sekarang.

8. Kali Baru Timur

Merupakan sebuah saluran irigasi berupa sungai buatan yang dibangun bersamaan dengan pintu air Katulampa untuk mengalirkan sebagian air sungai Ciliwung dari Bogor bagian timur ke Jakarta, di sepanjang sisi Jalan Raya Bogor, melalui Cimanggis, Depok, Cilangkap, sampai bermuara di daerah Kali Besar, Tanjung Priok, Jakarta Utara. Saluran dibuat pada masa kolonial Belanda mulai tahun 1739 dan selesai 14 tahun kemudian, yakni pada 1753. Awalnya ditujukan untuk angkutan barang dari pedalaman di Bogor ke Batavia, tapi akhirnya difokuskan untuk irigasi pertanian saja.

9. Kali Cipinang

Kali Cipinang disebut berasal dari Depok dan mengalir sampai ke arah Kanal Banjir Timur (KBT). Kali Cipinang ini terletak di kawasan Kecamatan Makassar, Jakarta Timur. Kali Cipinang di Jakarta panjangnya 37,68 km.

10. Kali Sunter

Kali Sunter mengalir di bagian timur kota Jakarta. Panjang aliran sungai utama mencapai 37 km dan bermuara di Teluk Jakarta.

11. Kali Buaran

Kali Buaran adalah sungai yang bersumber dari Bekasi. Sungai ini mengalir di Kota Bekasi, Jawa Barat, dan bagian timur Kota Jakarta. Bagian hilir sungai ditampung di Banjir Kanal Timur yang meneruskan hingga bermuara di kawasan Marunda, Cilincing, Jakarta Utara. Kali Buaran di Jakarta panjangnya 18,87 km.

12. Kali Jatikramat

Kali Jatikramat adalah sungai yang mengalir di Kota Bekasi, Jawa Barat, dan bagian timur Daerah Khusus Ibukota Jakarta. Bagian hilir sungai ditampung di Banjir Kanal Timur yang meneruskan hingga bermuara di kawasan Marunda, Cilincing, Jakarta Utara.

Daerah aliran sungai (DAS) Jatikramat di Kota Bekasi meliputi aliran air yang berasal dari Sungai Cileungsi, Cikeas maupun Sungai Bekasi. Kali Jatikramat di Jakarta panjangnya 14,5 km.

Sungai ini juga mengalir melalui Kota Bekasi hingga akhirnya bermuara di Marunda, Cilincing, Jakarta Utara. Kali Cakung terkait erat dengan Kali Jatikramat dan Kali Buaran. Ketiganya berkelok-kelok datang dari Bekasi dan saling terhubung hingga muara di Teluk Jakarta di kawasan Marunda melalui Cakung Drain. Kali Cakung di Jakarta panjangnya 39,59 km.